Forschungsprojekt

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Informatik

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Eingetragen von:
Christof Winter

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Lehrstuhl:
Bioinformatik

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Betreuung:
Prof. Dr. Michael Schroeder

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Link zur Webseite

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Wie Page-Rank bei der Biomarkersuche hilft

Christof Winter, Christian Pilarsky, Michael Schroeder

Biomarker erlauben dem Arzt, Krankheiten früher zu erkennen und Therapien individueller gestalten zu können. Sie können im Blut oder Gewebe eines Patienten bestimmt werden. Aufgrund der Vielzahl der Moleküle im menschlichen Körper ist es äußerst schwierig, aussagekräftige Biomarker zu identifizieren. In enger Zusammenarbeit mit dem Dresdner Uniklinikum wurden in diesem Projekt spezifische Biomarker für Bauchspeicheldrüsenkrebs gesucht. Dazu haben wir einen neuartigen Algorithmus entwickelt, der sich am Google PageRank Verfahren orientiert. Google findet relevante Webseiten, in dem Hyperlinks zwischen den Webseiten in die Bewertung miteinbezogen werden. Analog zu Webseiten und Hyperlinks zwischen Webseiten benutzt unser Algorithmus Gene und Interaktionen zwischen Genen für die Suche nach Genen mit prognostischer Relevanz. Der "Gen-Google" Algorithmus, angewendet auf Genprodukte aus dem Genom von Tumorpatienten, identifizierte so 8 Biomarker, deren Spezifität gerade an 500 Patienten validiert wird. Ein Patent wurde über die TU Dresden bereits angemeldet.